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员工的住宿费可以根据用途用于扣除，除以下情况外不得扣除

住宿费为公司接待客户，开票人无论纳税人规模如何，认证一致也不得扣除

住宿费由公司组织员工旅行，开票人无论纳税人规模如何，认证一致也不得扣除

其次，开票人的纳税人规模的扣除率也不同，具体如下

住宿费为员工出差，发票人为小规模纳税人，其增值税专用发票扣除率为3%

住宿费为员工出差，发票人为一般纳税人，其增值税专用发票扣除率为6%

企业员工因公出差发生的住宿费，属于出差费，取得的增值税专用发票可以按规定扣除项目税额。企业发生的住宿费取得增值税专用发票，能否扣除主要取决于住宿费的“用途”，企业员工在公司经营地和注册地发生的住宿费，如果不属于简单的税收计算方法的税收计算项目、增值税项目、集体福利或个人消费，即使取得专用发票认证，也可以按规定扣除项目税额